Nella sintesi tipica del DNA, dell'RNA e degli acidi nucleici non naturali, le fasi di deprotezione e accoppiamento svolgono un ruolo cruciale.
La fase di deprotezione consiste nella rimozione del gruppo DMT dal supporto solido o del gruppo idrossilico in posizione 5' sul nucleoside precedente mediante un acido organico, esponendo così il gruppo idrossilico per la successiva fase di accoppiamento. Per la deprotezione si utilizza generalmente acido tricloroacetico al 3% in diclorometano o toluene. La concentrazione dell'acido tricloroacetico e il tempo di deprotezione (tempo di deprotezione) influenzano in modo determinante la purezza dei prodotti finali. Una bassa concentrazione e un tempo di deprotezione insufficiente lasciano gruppi DMT non reagiti, con conseguente riduzione della resa e aumento delle impurità indesiderate. Un tempo di deprotezione prolungato può invece portare alla depurinazione delle sequenze sintetizzate, con conseguente formazione di impurità indesiderate.
La fase di accoppiamento è sensibile al contenuto di acqua dei solventi e all'umidità dell'aria. La concentrazione di acqua nella sintesi dovrebbe essere inferiore a 40 ppm, meglio inferiore a 25 ppm. Per mantenere le condizioni di sintesi anidra, la sintesi degli acidi nucleici dovrebbe essere effettuata in un ambiente a bassa umidità, quindi raccomandiamo ai nostri clienti di utilizzare ilAmiditi disciolti Apparecchiature, che può sciogliere la fosforamidite in polvere o in olio in acetonitrile anidro per evitare il contatto con l'aria.
Poiché la dissoluzione dei fosforamiditi è migliore in situazioni senza acqua e trappole molecolari per adsorbire l'acqua in tracce nei reagenti e nell'amidite, è necessario preparare ilTrappole molecolari.Si consiglia di utilizzare 2 g di sottosetaccio per flaconi di reagenti da 50-250 ml, 5 g per flaconi da 250-500 ml, 10 g per flaconi da 500-1000 ml e 20 g per flaconi da 1000-2000 ml.
La dissoluzione dei fosforamiditi deve essere effettuata in atmosfera inerte e la sostituzione dei reagenti attivatori e dell'acetonitrile deve essere completata tempestivamente. I reagenti di capping e ossidazione devono essere utilizzati il prima possibile, poiché i reagenti aperti hanno una durata di conservazione inferiore e una minore attività durante la sintesi.
Data di pubblicazione: 9 agosto 2022