Nella tipica sintesi di DNA, RNA e acidi nucleici non naturali, la fase di deprotezione e accoppiamento gioca un ruolo cruciale.
La fase di deprotezione consiste nel rimuovere il gruppo DMT sul supporto solido o il gruppo ossidrile 5' sul nucleoside precedente con acido organico ed esporre il gruppo ossidrile per la successiva fase di accoppiamento.L'acido tricloroacetico al 3% in diclorometano o toluene viene utilizzato principalmente per eseguire la fase di deprotezione.La concentrazione di acido tricloroacetico e il tempo di deprotezione (deblocking time) dominano la purezza dei prodotti finali.Una bassa concentrazione e un tempo di sbloccaggio insufficiente lasciano il gruppo DMT non reagito, che diminuisce la resa e aumenta le impurità indesiderate.Il lungo tempo di sbloccaggio può condurre alla depurina delle sequenze sintetizzate, formando le impurità inaspettate.
La fase di accoppiamento è sensibile al contenuto d'acqua dei solventi e all'umidità dell'aria.La concentrazione di acqua nella sintesi dovrebbe essere inferiore a 40 ppm, meglio inferiore a 25 ppm.Per mantenere la condizione di sintesi anidra, la sintesi degli acidi nucleici dovrebbe essere effettuata in un ambiente a bassa umidità, quindi consigliamo al nostro cliente di utilizzare ilAttrezzatura disciolta di amiditi, che può sciogliere la fosforamidite in polvere o oleosa in acetonitrile anidro per evitare il contatto con l'aria.
Poiché la dissoluzione dei fosforamiditi è migliore nella situazione non idrica e le trappole molecolari per adsorbire l'acqua in tracce nei reagenti e nell'amidite, è necessario preparare ilTrappole molecolari.Si consiglia un setaccio da 2 g per flaconi di reagenti da 50-250 ml, 5 g per flaconi di reagenti da 250-500 ml, 10 g per flaconi di reagenti da 500-1000 ml e 20 g per flaconi di reagenti da 1000-2000 ml.
La dissoluzione delle fosforamiditi dovrebbe essere effettuata in atmosfera inerte e la sostituzione dei reagenti dell'attivatore e dell'acetonitrile dovrebbe essere completata in tempo.I reagenti di capping e ossidazione devono essere utilizzati il prima possibile, i reagenti aperti danno una minore durata di conservazione e una minore attività durante la sintesi.
Tempo di pubblicazione: agosto-09-2022